临床表现典型的疟疾，诊断不难，对于占1/3以上的所谓非典型病例，须与以发热、脾大和肝大为特点的其他疾病相鉴别，以免贻误治疗，扩散疟疾，或忽视了与疟疾并存的其他疾病。
1、急性血吸虫病：有血吸虫病流行区的疫水接触史和尾蚴皮炎史，常见腹泻和黏血便等消化系统症状和干咳等，与疟疾不同的是肝大者占的90%以上，以左叶较显著，白细胞数增加，嗜酸粒细胞增多，尾蚴膜反应、环卵沉淀试验或大便孵化阳性。
血吸虫病：1、发热：为本期主要的症状，发热的高低，期限和热型视感染轻重而异。2、胃肠道症状：常呈痢疾样大便，可带血和粘液。3、肝脾肿大。4、肺部症状 ：咳嗽相当多见，可有胸痛，血痰等症状。
检查：大便沉淀孵化试验 沉孵法是目前最主要的诊断方法。肠镜检查及肠粘膜活组织检查:疑似血吸虫的而反复大便检查虫卵阴性者适用肠镜检查。血象:急性期白细胞总数及嗜酸性粒细胞显著增多。
2、丝虫病：多数有既往发作史，白细胞和嗜酸粒细胞增多，无贫血和脾大，血微比蚴多为阳性。
丝虫病：急性期的临床症状表现为淋巴管炎、淋巴结炎及丹毒样皮炎等。淋巴管炎的特征为逆行性，发作时可见皮下一条红线离心性地发展，俗称“流火”或“红线”。上下肢均可发生，但以下肢为多见。当炎症波及皮肤浅表微细淋巴管时，局部皮肤出现弥漫性红肿，表面光亮，有压痛及灼热感，即为丹毒样皮炎，病变部位多见于小腿中下部。在班氏丝虫，如果成虫寄生于阴囊内淋巴管中，可引起精索炎、附睾炎或睾丸炎。在出现局部症状的同时，患者常伴有畏寒发热、头痛、关节酸痛等，即丝虫热。有些患者可仅有寒热而无局部症状，可能为深部淋巴管炎和淋巴结炎的表现。慢性期阻塞性病变由于阻塞部位不同，患者产生的临床表现也因之而异：包括象皮肿、睾丸鞘膜积液、乳糜尿等。
3、黑热病：有黑热病流行区居住史。发热一般不规则，后期可发展为全血细胞减少，有鼻出血或齿龈出血等症，肝脾大，骨髓穿刺可查到利杜体。
黑热病：黑尿热这是恶性疟病人突然发生的急性溶血，伴血红蛋白尿和高热的一种严重并发症，多见于反复发作而不规则服用奎宁的恶性疟病例。黑色尿比较少见，常常发生于急性血管内溶血的病人，如恶性疟疾病人，医学上称黑尿热，是恶性疟疾最严重的并发症之一。这种病人的血浆中有大量的游离氧、血红蛋白与定氧血红蛋白，随尿排出而造成尿呈暗红或黑色。另有少数病人服用左旋多巴、甲酚、苯肼等后，也会引起排黑尿，停药后即会消失。国外有资料报告，患阵发性肌红蛋白尿的病人，在运动后也会排出棕黑色尿，同时伴有肌肉无力，可逐渐发展为瘫疾。此外，黑尿还可见于酚中毒、黑色毒瘤、尿黑酸病。
4、阿米巴肝脓肿：肝脏明显肿大和疼痛，无脾大，热型不规则，白细胞显著增多，以中性粒细胞为主，超声波及X线检查可发现脓肿。
阿米巴肝脓肿：临床表现取决于脓肿的大小、部位、病程长短及有无并发症等，但大多数病人起病较缓慢，病程较长，此期间主要表现为发热、肝区疼痛、肝脏肿大等。凡成年男子患有持续或间歇的发热，食欲不佳，体质虚弱，并有肝脏肿大，且具触痛者，应即疑有肝脓肿之可能，如上述现象发生在阿米巴痢疾之急性时期，或患者过去有痢疾史者，阿米巴性肝脓肿之诊断即可初步成立。当然，过去未能回忆有痢疾史者并不能否定诊断。阿米巴肝脓肿临床表现复杂，误诊率较高，为了明确诊断，需结合症状、体征以及各项检查指标综合分析。
5、伤寒：发热呈稽留热，有玫瑰疹、腹胀等胃肠道症状和其他全身中毒症状等。血、骨髓、大便等细菌培养和伤寒血清凝集反应阳性。
伤寒：伤寒(typhoid fever)是由伤寒杆菌引起的急性肠道传染病，以持续的菌血症与毒血症，单核吞噬细胞系统的增生性反应，以回肠下段淋巴组织为主的增生、肿胀、坏死与溃疡形成为基本病理特征。典型的临床表现包括持续高热，全身中毒性症状与消化道症状、相对缓脉、玫瑰疹、肝脾肿大、白细胞减少。本病又称为肠热病(enteric fever)。但本病的临床表现主要系病原经血播散至全身全器官，而并非肠道局部病变所引起。肠出血、肠穿孔是可能发生的最主要的严重并发症。
6、败血症：体温不规则，白细胞及中性粒细胞显著增多，一般可发现感染原因，血或骨髓细菌培养阳性。
败血症：败血症是由致病菌侵入血液循环并在其中生长繁殖，产生毒素而引起的全身性感染，易在人体抵抗力降低的情况下发生。临床上主要表现为寒战、高热、毒血症症状、皮疹、关节痛、肝脾大、感染性休克、迁徙性病灶等。绝大多数呈急性病程，病情重，预后差。如今更进一步认为败血症是致病菌及其毒素和代谢产物进入血流后激活并释放炎症介子而引起的一系列连锁反应过程。这一过程，在临床上可导致全身多脏器的功能紊乱和衰竭。即不仅看到了致病菌在机体内的存在状态，也重视了机体的免疫应答反应及结果。
7、布氏杆菌病：发热呈周期性，一般症状不重。以后可见一系列神经症状，可进行皮内和血清学试验。
布氏杆菌病：布氏杆菌病又称波状热，是由布氏杆菌引起的人畜共患的传染病。其临床特点为长期发热、多汗、关节痛、睾丸炎、肝脾肿大等。病菌为革兰阴性短小杆菌，按生化和血清学反应分为马尔他布鲁菌(羊型)、流产布鲁菌(牛型)、猪布鲁菌(猪型)，另外还有森林鼠型、绵羊附睾型和犬型。感染人者主要为羊、牛和猪型。其致病力以羊型最强，次为猪型，牛型最弱。传染源是患病的羊、牛、猪，病原菌存在于病畜的组织、尿、乳、产道分泌物、羊水，胎盘及羊盖体内。接触受染，也可通过消化、呼吸道传染。人群普遍易感，并可重复感染或慢性化。
8、钩端螺旋体病：体温多呈持续热或弛张热，有上眼结膜充血、腓肠肌痛、淋巴结肿痛、皮肤黏膜出血、肝功能损害和肺部症状等。可进行血清免疫学试验和检查钩端螺旋体确诊，青霉素有效。
钩端螺旋体病：钩端螺旋体病(leptospirosis，简称钩体病)是由各种不同型别的致病性钩端螺旋体(Leptospira，简称钩体)所引起的一种急性全身性感染性疾病，属自然疫源性疾病。鼠类和猪是两大主要传染源。临床特点为起病急骤，早期有高热、全身酸痛、软弱无力、结膜充血、腓肠肌压痛、表浅淋巴结肿大等钩体毒血症状;中期可伴有肺出血、肺弥漫性出血、心肌炎、溶血性贫血、黄疸、全身出血倾向、肾炎、脑膜炎、呼吸功能衰竭、心力衰竭等靶器官损害表现;晚期多数病例恢复，少数病例可出现后发热、眼葡萄膜炎以及脑动脉闭塞性炎症等多与感染后的变态反应有关的后发症。肺弥漫性出血、心肌炎、溶血性贫血等与肝、肾衰竭为常见致死原因。
9、急性肾盂肾炎：发热不规则，有腰酸、尿频、尿急及尿痛等。尿检查见红、白细胞及蛋白，细菌培养阳性。
急性肾盂肾炎:典型的急性肾盂肾炎起病急骤，临床表现为发作性的寒战，发热、腰背痛(肋脊角处有明显的叩击痛)，通常还伴有腹部绞痛、恶心、呕吐、尿痛、尿频和夜尿增多。本病可发生于各种年龄，但以育龄妇女最多见。
10、脑型疟疾：本病发生易与流行性乙型脑炎、中毒性痢疾、中暑相混淆。通常要仔细反复查找疟原虫。毒痢还应做粪常规、培养。一时弄不清可先用抗疟药治疗以等待结果。
11、其它如粟粒性结核、胆道感染引起的长热程发热也要注意鉴别。
