中国医学科学院、中国协和医科大学皮肤病研究所于1954年在北京成立，原称中央皮肤性病研究所，直属中央卫生部领导。是国内成立最早，集医疗、科研、教学、防治为一体的国家级皮肤病医疗、科研机构。1958年归属中国医学科学院领导。1970年从北京迁至江苏泰州市。1984年迁南京现址，并成立皮肤病医院，1986年成立全国性病防治研究中心(1994年改称全国性病麻风病控制中心)与之合署办公。
该研究所占地面积36271平方米，建筑面积30611平方米，主要建筑有科研楼、门诊楼、住院楼和制剂楼等。两个病区编制床位100张，门诊设计1000人次/日，设有24个临床、科研科室、两个重点学科、现场防治研究基地，中国协和医科大学博士生临床教学基地、中国医学真菌菌种保藏中心，卫生部皮肤病药物临床药理基地之一，同时是全国性病麻风病控制中心。并承担《中华皮肤科杂志》、《国外医学皮肤性病学分册》等国家级杂志编辑任务。现有固定资产3000多万元，万元以上医疗科研设备近200余件。
图书馆藏书3余万册，外文专业期刊120多种，中文专业期刊190种，是国内皮肤病学科专业藏书较全的书库之一。现有职工350余名，正副研究员(正副主任医师)50多名，其中博士研究生导师10名、硕士研究生导师17名、专业技术人员占职工总数的70%以上，在担任科研工作的同时还承担着所在社区及至全国范围内的皮肤病、性病(尤其为各种疑难重症皮肤病、性病)的医疗、防治和教学任务，为全国积极防治性病、基本消灭头癣和麻风病作出了重要贡献。
1978年以来，获国家级、部省级等科研成果90多项。1986年以来，开展科研项目200余项，其中国家级15项、部省级40项、国际合作10项。1986-1999年，发表论文1400余篇，其中国际刊物近80篇，国内刊物1000余篇。自身免疫性大疱性皮肤病等疾病的诊断和治疗具国内领先水平，获中国医学科学院医疗成就奖5项。至1999年底，已与美、日、英、比、德等30余个国家和地区建立了技术协作和交流关系，主持研制的淋球菌培养基、支原体诊断试剂通过鉴定和试用、转让生产，供应全国。自行研制的皮肤病外用制剂百余种供门诊使用，最新引进的美国科以人大型美肤激光治疗仪用于治疗各种色素性及血管性皮肤病，除皱、去毛等疗效显著，引进意大利电子吸脂机去除皮下多余脂肪，减肥立竿见影，深受国内外患者的欢迎。
40多年来，我所全体医务工作者奉行严谨、博精、创新、奉献的"协和精神"，形成了具有高度责任心、一丝不苟诊疗、耐心细致护理的优良传统，享誉国内外。
