新疆医科大学附属肿瘤医院成立于1989年；1993年自治区编办批准新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所，院所合一。2004年医院被批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。2018年被正式确立为自治区癌症中心。历经29年的建设，现已成为集医疗、教学、科研和防治为一体的自治区级肿瘤专科医院。
医院占地9.25万平方米，建筑面积17.48万平方米，固定资产原值10.15亿。现开放床位1650张，设35个临床科室，15个医技科室和37个职能单元。在岗职工2215人，其中高级专业技术人员251人，硕士及以上学位587人，博士生导师17名，硕士生导师65名。享受国务院政府特殊津贴专家7人，入选国家百千万人才工程1人,自治区有突出贡献专家3人，院级名医17人，单病种首席专家6人，学科带头人5名。
第三临床医学院于2017年9月承办麻醉学、影像学、检验学三个专业；2018年7月承担医学影像技术专业。医院拥有国家药物临床试验机构，人社部博士后科研工作站，国家级住院医师规范化培训基地医院（含9个专业基地），教育部省部共建重点实验室，中国医学科学院（院外）肿瘤免疫与放疗研究重点实验室，新疆肿瘤学重点实验室。
新疆肿瘤样本资源库获自治区、乌鲁木齐市平台建设项目资助建设，并参与两项科技部国家重点研发计划项目，于2016年获国家遗传资源收集、保藏行政许可，已按照国际规范化的样本采集原则保存、收藏各类肿瘤样本资源数万例。肿瘤样本资源库为科技部国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目提供重要的样本资源支持。
医院拥有临床医学（肿瘤学）博士学位授权点，肿瘤学硕士学位授权点，是国家级肿瘤学临床重点专科建设单位及自治区肿瘤学重点学科，拥有国家级临床医学工程研究基地（1个），自治区级临床重点专科（8个），自治区级临床重点专科建设项目（3个），自治区级专业质量控制中心（5个，包括乳腺癌、妇科肿瘤、肿瘤放射治疗专业），自治区级专业护士培训基地（1个）。
2014-2018年，我院共承担各级各类科研项目449项，科研经费近6508万元。其中国家自然科学基金项目29项（含联合基金重点项目2项），省部级项目206项，自2014年起承担国家重大医改项目-城市癌症早诊早治项目。
近5年来，医院获自治区科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖5项；乌鲁木齐市科技进步奖三等奖2项；中国抗癌协会科技奖2项；新疆医学科技奖5项。发表核心期刊论文927篇，SCI收录227篇，总影响因子511.958，有19篇影响因子＞4；出版主编教材和专著10部。获专利42项。
2018年医院门诊诊疗39.3万人次，出院7.22万人次。
医院秉持“明德、精医、至善”的院训，夯实基础，调整结构，坚持管理创新，注重素质培养，促使医疗水平不断提高，学科建设日趋完备，内涵建设不断升华。
