首都儿科研究所是一所以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。其前身是中国医学科学院儿科研究所 ,成立于1958年，是新中国第一家儿科医学研究所。于1983年隶属北京市，1984年开设门诊，1986年建立附属儿童医院。1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。
研究所先后10次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，18次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50多年来，经过几代人的不懈奋斗，研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。
研究所和附属儿童医院地处北京市朝阳区雅宝路2号,占地面积43.15亩，科研医疗建筑面积38074㎡。现有员工1400余人，具有高级专业技术职称的有150人。所内有国家级和北京市级突出贡献专家4人，享受政府特殊津贴的专家17人。
研究所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有硕、博士生导师40余名。目前，已培养博士、硕士300余人，有10名青年科技骨干入选北京市科技新星。科研、临床人员每年在各种核心期刊、学术会议、专业刊物发表论文百余篇，其中SCI文章 40余篇。现有百余名留学归国人员。
研究所
研究所成立于1958年，建所初期设立有基础研究、儿童保健、临床治疗三大部门。多年来，研究所以“儿童保健群体医学研究”、“儿科疾病基因和生物技术研究”、“儿科感染的实验诊疗技术研究”为重点，开展了一系列研究。研究所现设有11个研究室：儿童卫生与发展研究室、儿童早期综合发展研究室、生长发育研究室、流行病研究室、生物技术研究室、生化研究室、分子免疫研究室、遗传研究室、病毒研究室、细菌研究室、病理生理研究室。常年承担着国家、卫计委、国际合作组织和北京市一系列重大项目和课题的研究，其中有国家973、863项目，国家科技支撑计划，国家自然科学基金和北京市自然科学基金项目，北京市科委重大项目等。研究内容涉及胚胎发育、出生缺陷、婴儿喂养、生长发育、儿童常见和疑难疾病、人口健康、社区医疗等方面。一批优秀研究项目先后获奖，其中有国家级奖7项、卫计委和北京市各类科技进步奖79项。截至2014年4月在研课题70项，经费7022.64万元。
研究所内设有世界卫生组织儿童卫生合作中心、中国儿童卫生保健疾病防治指导中心、中-加儿童健康研究合作中心、北京市感染与免疫中心实验室。研究所是中华预防医学会儿童保健分会、中国儿科医师协会的主任委员单位。中国关心下一代工作专家委员会、宋庆龄基金会儿科奖励基金委员会、中国社区卫生协会等国家级专业学会办公机构设在所内。研究所有多位知名专家担任全国专业性学会、协会领导职务。
2010年，北京市卫生局批准在研究所建立“北京市儿童成人慢性病防治中心”，组织、协调和推进北京市儿童成人慢性病防治和研究工作。2012年，组建了北京市重点实验室——“儿童发育营养组学北京市重点实验室”。该实验室以提高儿童的出生和发育素质为目标，立足于理论创新，建立营养学研究的技术交叉体系，实现研究成果与人群应用、前沿生命理论与儿童发育保障需求的相互结合，为北京市和国内儿童出生与早期健康发育提供技术指导和应用服务。
儿童卫生与生发展研究室主要开展卫生政策研究、社区卫生管理研究和绩效评估、社区卫生适宜技术研究以及流行病学社区干预实验等。该研究室连续获得国家“十五”科技攻关项目、“十一五”，“十二五”科技支撑计划项目的资助。2008年以来主编出版国家基本公共卫生服务技术规范、0-36个月儿童健康管理等著作十余部，发表论文数十篇。
儿童早期综合发展研究室主要承担卫计委、世界卫生组织和联合国儿童基金会的课题，研究内容紧密围绕联合国千年发展目标，包括儿童常见病控制、婴幼儿喂养与营养改善、环境与儿童健康、儿童早期发展促进等方面的研究。近年来开始从事移动健康（mHealth)方面的研究，包括移动数据收集和健康教育干预等。该研究室承担的儿童疾病综合管理项目获得2009年度中华预防医学会科学技术奖二等奖。
生长发育研究室主要从事儿童生长发育的相关基础与临床研究，承担国家级、部级、市局级及国际组织的多项课题。在生长发育规律研究、生长评价标准的制定、异常生长发育（矮小、肥胖、性早熟等）的病因、诊断及防治对策、婴幼儿及学前儿童智能发育规律及评价量表、智力低下的早期识别和干预的研究等领域已取得多项科研成果并向全国推广应用， 为卫生行政部门制定政策，实现优生、优育、优教基本国策和促进过敏体质健康提供重要的科学依据，同时也为儿童保健、医疗、教学、科研等工作提供了非常有价值的参考数据和评价标准。其成果多次荣获国家、卫生部、北京市科技进步奖等奖项。
流行病研究室从群体医学视角研究儿童健康、发育和疾病规律。曾先后承担10余项全国范围的流行病学调查。在国内率先开展了心血管病胎儿期发育起源、儿童高血压和儿童代谢综合征的人群队列研究，并从生命轨迹角度，研究胎儿、儿童和青少年期心血管疾病的发生、发展和预防的机制。目前承担的主要项目是“十二五”国家科技支撑计划、国家重点基础研究计划（973）、国家自然科学基金、北京市科技计划重点项目、北京市自然科学基金等，其成果多次荣获科学技术奖项。该研究室被政府授予“北京市职工创新工作室”和“科技北京领军团队”的称号；并于2010年成立“北京市儿童成人慢性病防治中心”，2012年成立“北京市儿童成人慢性病防治办公室”。
生物技术研究室以生物技术应用于儿科医学为研究重点，以儿科和遗传学作为发展方向，探寻新的诊断与治疗方法，建立具有儿科特色的生物技术研发模式及国际标准化实验室平台，同时追踪生物技术发展可能带来的第三医学或医学科学新模式，率先在儿科进行实践。该研究室在出生缺陷、生物诊疗、基因工程、生化提取、蛋白质组研究及多肽合成等领域具备了较强的研发能力，尤其在重大出生缺陷的发生机制方面形成了以代谢与代谢调节为主的新的研究方向。目前主要承担973项目、国家自然基金项目及北京市重大科技计划项目，相关成果在《Cell Transplant》，《Regenerative medicine》，《J Appl Toxicol》，《Reprod Sci》，《Genes Nutr》等一系列杂志上发表。
生化研究室的研究是以生物化学和分子生物学为基础，以儿童健康相关领域为研究对象，重点开展儿科疾病早期表现、儿童疾病相关分子标识物、儿科疾病的相关基因和调控机理以及重要相关功能蛋白等领域的研究，为探索儿科疾病的诊断，发病机理和新的治疗途径提供研究基础。承担有国家重点基础研究发展规划项目、国家和北京市自然科学基金等项目。曾荣获教育部科技进步一等奖和北京市科技成果三等奖。该研究室与美国肯塔基大学，NIH等相关实验室密切联系，与国内外同行建立了良好的交流合作关系。
分子免疫研究室搭建起包括分子生物学技术、分子免疫技术、动物模型、抗病毒药物的筛选、流式细胞术对细胞免疫和分子免疫的测定的技术平台。目前承担着国家重点基础研究发展规划项目、国家和北京市自然科学基金等项目。以严重影响儿童健康的疾病作为研究对象，以国家与各级政府基金和项目为依托，以新的概念和创新性手段，研究对感染性疾病及病原体的感染途径，特征及造成的损伤机理；研究先天性畸形的产前诊断方法及一级干预措施，其成果为落实国家提高人口出生质量的战略任务提供科学依据。同时该研究室注重基础与临床相结合，开展创新性研究以解决临床实际问题，在国内儿科创建了具有特色的研究领域。研究室还承担着政府在处理突发公共卫生事件中分派的任务。
遗传研究室的研究为分子遗传学和细胞遗传学两部分，主要研究小儿遗传性和出生缺陷性疾病，包括染色体病、先天畸形的病因学、单基因遗传病的基因突变和产前诊断。其中，苯丙酮尿症的突变基因谱研究成为代表中国PKU的数据库，而脊肌萎缩症、Angelmen/prader-willi综合征的研究处于国内领先地位。该研究室承担包括国家十五科技攻关计划、国家自然科学基金等20多项科研项目，发表SCI收录和国内核心期刊学术论文70余篇，获得北京市科技进步奖、新疆维吾尔自治区科学技术进步奖。
病毒研究室以儿科常见感染性疾病的病毒病原学为主要研究方向，重点为呼吸道及胃肠道感染的病毒。研究内容包括疾病与病毒的病原关系，病毒病原的基因变异和人群的抗体水平监测，建立了病毒病原研究的技术平台。近年来将新发现的病毒与儿科疾病的关系作为研究的重点。该研究室作为国家和北京市流感监测网络实验室、北京市传染病网络实验室，在全市疾病防控工作中起着重要的作用。曾获卫生部、北京市科技成果一等奖和二等奖，吴阶平医学研究儿科消化一等奖，宋庆龄儿科医学奖。
细菌研究室致力于儿童易感病原体的诊断、耐药、暴发流行监测等研究。主要进行肺炎支原体基因多态性、快速特异检测、耐药机制及蛋白保护等研究。曾在国内率先开展了对引起儿童非典型肺炎的病原体——肺炎支原体的研究，建立了一整套支原体分离培养、免疫血清学技术和特异DNA监测方法，成功地运用PCR和单抗检测鉴定污染细胞的支原体。多次获得北京市卫生局一等奖、北京市科技进步三等奖等。承担北京市自然科学基金、首发基金、吴阶平基金、北京市优秀人才基金等资助项目。为配合临床需求，该研究室开展了呼吸道、泌尿生殖道支原体培养，衣原体病原检测及肺炎支原体培养+定量+药敏联合试验等临床检测项目。
北京京坛医院
二级甲等
北京市东城区安乐林路10号
北京中医药大学东直门医院
三级甲等
东城院区:北京市东城区海运仓5号;国际部:北京市东城区东四北大街279号
北京军区总医院
三级甲等
北京市东城区东四十条南门仓5号
首都医科大学附属北京同仁医院
三级甲等
北京市东城区东交民巷1号(西区);北京市东城区崇文门内大街8号(东区);北京经济技术开发区西环南路2号(南区)
北京地坛医院
三级甲等 综合医院
北京市朝阳区京顺东街8号(本部);北京市顺义区南孙路李遂段799号(顺义院区)
应急管理部应急总医院
三级乙等 综合医院
北京市朝阳区西坝河南里29号
北京协和医院
三级甲等 综合医院
东城区东单帅府园1号(东院);西城区大木仓胡同41号(西院)
北京同仁医院
三级甲等 综合医院
北京市东城区东交民巷1号(西区);北京市东城区崇文门内大街8号(东区);北京经济技术开发区西环南路2号(南区)