南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院、南京市老年病医院。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。
医院现分为钟阜院区和汤山院区两个院区，核定床位1155张，实际开放床位1300张。一院两地，统一管理，医疗、教学、科研全面发展。有在职职工1348人，其中卫技人员1186人，高级职称人员249人，博士31人，硕士研究生296人。有江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才12人，江苏省有突出贡献中青年专家和拔尖人才1人，江苏省“六大人才高峰7人；南京市有突出贡献中青年专家和拔尖人才6人。有南京中医药大学、东南大学、南京大学等高等院校博导、硕导共50人。
钟阜院区座落于市中心，地处鼓楼区钟阜路1-1号，拥有两座现代化的20层门诊病房大楼和医技病房大楼、急诊楼、120急救分站、地下停车场等，建筑面积8万平方米。2018年门急诊量47.99万人次，出院病人2.39万人次。钟阜院区发展综合学科，以发展综合救治水平和应对突发公共卫生事件的救治能力为主。设有中西医结合科、肝病免疫科、内分泌科（脂肪肝诊疗中心）、风湿免疫科(免疫性肝病诊疗中心)、儿童青少年肝病科(遗传性肝病诊疗中心)、疑难和重症肝病科、肝硬化治疗中心、肝脏肿瘤治疗中心、消化内科、肾脏内科、心血管内科、血液内科、神经内科、老年医学科、重症胰腺炎诊疗中心、肝胆胰外科治疗中心、胃肠外科治疗中心、泌尿外科、甲乳外科、整形外科、心胸外科、创伤外科、骨科、神经外科、肿瘤放疗科、头颈+胸部肿瘤科、腹部肿瘤科、产科、新生儿科、妇科、重症医学科、麻醉科、急诊医学科（含120急救分站）、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、中医科、呼吸内科、康复科、检验检测中心、临床科研中心、功能检查科、医学影像科、介入室、药学部、临床药物研究室、腔镜中心、病理科等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊。
汤山院区（市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，增挂江苏省传染病医院院牌，是江苏省传染病紧急医学救援基地，艾滋病、结核病定点收治医疗单位。占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米，设置床位900张，现开放床位500张。是以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，全市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内外科、重症医学科、一期临床研究中心，麻醉科、医学影像科（含介入室）、腔镜室（支气管镜室、胃肠镜室）等临床医技科室。
医院是全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地，全国脂肪肝规范诊疗中心，难治性癌痛规范化诊疗示范基地、江苏省博士后创新实践基地。国家药物临床试验机构。医院同时是江苏省传染科医疗质量控制中心、省中西医结合肝病研究中心、省病毒性肝炎诊疗中心、省重症疟疾诊疗中心、省重危孕产妇救治指导中心、南京市消化病临床医学中心、南京地区市级胸痛救治中心建设单位。
医院有国家临床重点专科1个，省重点学科、专科7个，市重点专科4个，国家中医药管理局重点研究室1个。其中感染性疾病科为国家级临床重点专科，感染性疾病学为江苏省医学重点学科。传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病科、结核科为江苏省省级临床重点专科，中西医结合科为江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科为南京市临床重点专科，中心实验室为南京市医学重点实验室。
多年来，医院坚持科技兴院，重视科研发展。近五年获科研成果37项，其中部级奖2项，省科学技术进步奖5项，省卫计委医学新技术引进奖17项，南京市科学技术进步奖5项。承担国家自然科学基金13项，传染病防治国家科技重大专项10项，省部级科研项目30项。编写专著41部，获专利证书34项。发表SCI论文176篇（最高影响因子59.558），中华系列期刊论文90余篇。
“精诚奉献，惠泽民生”。多年来，南京市第二医院坚持公益惠民的宗旨，积极推进医联体建设，并通过 “党员示范岗”“党员志愿者“工人先锋号”“青年文明号”等创建工作，持续提升社会效益。医院以担当社会责任为己任，积极参与非典、重症甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大传染病救治，奔赴四川雅安地震灾区指导卫生防疫工作，圆满完成青奥会医疗保障等各项应急保障任务，积极开展援藏、援疆、援非对口支援。医院先后荣获卫生部“全国抗非先进集体”、中组部“全国抗非先进党组织”、全国抗“非典”工作先进基层党组织、荣获国家卫生计生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”、国家埃博拉出血热疫情防控先进集体荣誉称号。
风劲帆扬，砥砺前行，如今的南京市第二医院，翻开崭新的一页。医院将通过建设江苏肝健康联盟，进一步创新互联网+医院模式，建立分级诊疗和双向转诊机制，不断增强医疗服务核心竞争力和综合实力。通过南京中医药大学、徐州医科大学、东南大学等平台，力争成为专科特色显著、中西医并重、综合能力强的三级甲等医院，并在争创国家级区域医疗中心的道路上，拼搏奋进、开拓创新，不断增进人民群众健康福祉，向着以人民为中心，以健康促小康的目标，不断迈进。
