安徽省儿童医院筹建于1982年，1990年开诊,在几任领导班子的辛勤努力下，尤其是2007年以来，在以金玉莲院长为首的新一届领导班子的带领下，全院职工本着“仁爱、厚德、和谐、创新”的治院精神，励精图治，不断创新。现已发展成为全省唯一一所设备先进、学科门类齐全、集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的省级大型综合性三级甲等儿童专科医院，安徽省儿童医疗协会会长单位，安徽省儿童急救中心，安徽医科大学临床学院，北京儿童医院集团首家成员单位。担负着全省近2000万儿童医疗保健任务和危急重患儿的医疗救护工作。
医院占地面积5万平方米，拥有医疗用房4.8万平方米，2010年新建的十六层门诊住院综合楼投入使用，2012年老住院楼改扩建工程竣工投入使用。2013年4000平方米的安徽省儿童急救中心楼竣工投入使用。2.7万平方米的感染性疾病门诊住院综合楼已开工建设，建成后，医院开放床位将达到1500张。目前医院开放床位1200张，开设26个病区，11个医技科室，30个临床专科。年门诊量100万人次，年出院病人4.8万人次，年住院手术1.3万多台次。全院现有职工1300人,中级以上职称326人，其中高级职称110人，担任省级以上学科带头人和学术团体负责人32人。现代化医疗、科研设备不断充实，2010年利用奥地利政府5000万元贷款购置的全国一流带环境体验的1.5T核磁共振、64排螺旋CT已经投入使用。医用设备总值达1.5亿元，为诊断、治疗的高效率、高质量和进行科研提供了雄厚的技术保证。
医院学科门类齐全，内科系统设有新生儿内科、呼吸内科、消化内科、肾内科、血液内科、神经内科、风湿免疫科、感染科、心血管内科等，急救中心设有急诊内科、急诊外科、院前急救转运、急诊综合病房、PICU等，外科系统设有普外科、心脏外科、胸外科、神经外科、新生儿外科、泌尿外科、骨科、烧伤整形科、大五官科等。新生儿科、普外科已分别开设两个病区，呼吸内科已开设三个病区；新生儿科、小儿心胸外科、小儿骨科系安徽省临床医学重点学科。医院同时被评定为全省儿科重症监护专科护士培训基地、全省妇幼医护培训基地。医院大力实施科教兴院战略，鼓励开展新项目，支持临床科研，在危重新生儿的抢救、小儿先天性食道闭锁等先天性畸形、小儿脑瘫、癫痫、哮喘、肾病、先天性骨关节畸形、小儿先心病诊治以及儿童白血病、恶性肿瘤化疗、儿童保健等方面均居全省乃至全国领先水平。医院成为全省儿科的医、教、研中心。2013年4月安徽省儿童急救中心落户该院，2013年5月该院正式加入北京儿童医院集团。
医院先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国巾帼文明示范岗”、“省直文明单位”、“全国院务公开先进单位”“安徽省诚信医院”“合肥市消防安全能力建设4A级单位”“全国创先争优先进集体”等各种荣誉称号近五十项。
在医院得到快速发展的同时，为迅速改变安徽省目前儿童医疗资源严重不足、儿科医师紧缺的现状，充分发挥省儿童医院在全省儿科的龙头带动作用，由该院牵头在全国率先成立了首家儿童医疗协会，为全省儿科医师搭建一个科研工作、学术交流和业务培训的平台。协助卫生厅出台了《安徽省“十二五”儿童医疗救治体系建设指导意见》；对全省基层儿科医师进行规范化培训；成立安徽省儿童急救中心，开通安徽省儿童“120”，构建了一个以省为龙头，地市县为枢纽，乡镇村为网底的覆盖全省的五级儿童医疗救治与急诊急救体系。
新世纪，新机遇，医院以更好地服务于全省儿童健康事业为己任，加快科技兴院的步伐，努力提高医院的整体实力和竞争能力，把医院建设成为学科门类齐全、诊疗手段先进的国内一流的儿童医院。
