1.脑损伤 排除分娩损伤、脑炎、脑膜炎及药物中毒等。生活在自然环境缺碘区，表现出各种碘摄入不足时，机体会出现一系列的障碍，再加上实验室检查指标，无分娩损伤、脑炎、脑膜炎及药物中毒等病史，即可诊断为地方性甲状腺功能减退症。
2.甲状腺功能减退症的其他病因 排除甲状腺功能减退症的其他病因，如：
1)甲状腺激素生成障碍：属于常染色体遗传病，病人常常有家族史，甲状腺肿大为弥漫性、软、很少发展为结节性。碘有机化障碍可用高氯酸钾排泌试验诊断，正常值2h排泌<5%，病人往往>10%。
2)激素抵抗：甲状腺激素抵抗综合征(syndrome of resistance to thyroid hormone，SRTH)也称甲状腺激素不应症或甲状腺激素不敏感综合征(thyroid hormone insensitivity syndrome，THIS)，本病以家族性发病为多见，也有少数为散发病例，约占1/3。发病年龄大都在儿童和青少年，年龄最小的为新生儿，男女性别均可患病。临床表现T4和T3持续升高，同时TSH正常，病人没有药物、非甲状腺疾病和甲状腺激素转运异常影响。最特异的表现是给以病人超生理剂量甲状腺激素后，不能抑制升高的TSH到正常，同时也没有外周组织对过量甲状腺激素的反应。
3.慢甲炎和Graves病 慢甲炎和Graves病属自身免疫性甲状腺疾病，是由于淋巴细胞分泌促甲状腺激素受体的抗体(TSH receptor antibody，TRAb)，TRAb刺激甲状腺滤泡增生和功能亢进，临床表现毒性弥漫性甲状腺肿大，浸润性眼病和胫前黏液性水肿。甲状腺自身抗体TGAb和TPOAb升高支持慢性甲状腺炎的诊断。
4.聋哑症 一般聋哑症无智力障碍，尿碘不减少，T131I不高，无其他缺碘表现。
