(一)各型鼠疫早期 应与斑疹伤寒、流行性出血热、恙虫病、钩端螺旋体病等鉴别。
(二)腺鼠疫应与下列疾病鉴别：
1.急性淋巴结炎 此病有明显的外伤，常有淋巴管炎、全身症状轻。
2.丝虫病的淋巴结肿 本病急性期，淋巴结炎与淋巴管炎常同时发生，数天后可自行消退，全身症状轻微，晚上血片检查可找到微丝蚴。
3.免热病 由免热病菌感染引起，全身症状轻，腺肿境界明显，可移动，皮色正常，无痛，无被迫体姿，预后较好。
(三)败血型鼠疫需与其它原因所致败血症、钩端螺旋体病、流行性出血热、流行性脑脊髓膜炎相鉴别。应及时检测相应疾病的病原或抗体，并根据流行病学、症状体征鉴别。
(四)肺鼠疫须与大叶性肺炎、支原体肺炎、肺型炭疽、钩体病肺出血型等鉴别。主要依据临床表现及痰的病原学检查鉴别。
(五)皮肤鼠疫应与皮肤炭疽相鉴别。
