非金黄色葡萄球菌败血症性休克：可有发热，休克等临床表现，且也可伴有几个器官损害，极易与本征混淆;血培养为非金黄色葡萄球菌。
中毒性猩红热：可有发热、皮疹、杨梅舌等临床表现，也极易与本征混淆;但本病为乙型溶血性链球菌感染所致，咽拭子培养可获阳性结果。
钩端螺旋体病：可有发热、全身肌痛.头痛、呕吐、肝肾功能不良等等临床表现，应与本征相鉴别。血液中可分离出病原体。
粘膜皮肤淋巴结综合征：可有发热、结膜充血、皮疹、恢复期脱皮、毒性症状等，提示可能为共同病原。
溶血性尿毒性综合征：可有发热、呕吐、腹泻、抽搐或昏迷、肾功能障碍等临床表现，与本征有相似之处;有重度的微血管病性溶血性贫血及凝血机制障碍。
食物中毒：出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化道症状，有摄入含有细菌或细菌毒素的食品的病史。
流行性出血热：发热(38～40℃)、三痛(头痛、腰痛、眼眶痛)以及恶心、呕吐、胸闷、腹痛、腹泻、全身关节痛等症状，病原学或血清学检验获阳性结果。
