由于MOFE是许多不同种类疾病的共同归宿，而许多疾病在其发展过程中亦可出现并非MOFE定义中的多器官损害，所以对MOFE概念的正确理解在鉴别诊断中是十分重要的。虽然MOFE可简单地被定义为“同时或相继发生的2个或2个以上器官或系统功能障碍或衰竭”。但在实际运用中，这一定义有以下缺陷：①不能区别MOFE与其他种类的器官衰竭。因为仅就器官衰竭而言，许多病理情况下均可发生。早在MOFE和MOF提出以前，即已存在诸如“肝肾综合征”、“肝性脑病”、“肺性脑病”、“心源性肺水肿”等涉及多个器官衰竭的诊断。此外，如多发伤暴力直接作用于多个器官时，病人濒临死亡前或长期慢性疾病器官功能失代偿时，都可以出现多个器官衰竭，但都不属于MOFE的范畴。②过于强调器官衰竭这一终点，不能反映MOFE的发生发展过程。因为如果强调器官衰竭作为诊断标准，那么诊断成立时，患者几乎已无存活的希望，这种晚期诊断难以指导早期临床防治，也不利于发病机制的研究。③不能全面反映MOFE的临床特征。因为器官功能障碍仅是MOFE的临床特征之一。除此之外，在MOFE发病过程中还表现出失控的全身炎症、免疫功能紊乱、高动力循环状态和持续高代谢等全身炎症反应综合征或代偿性抗炎症反应综合征的特点。根据20世纪90年代的最新认识，MOFE是SIRS的常见并发症，其发病机制目前还不十分清楚，但很可能是由创伤、休克、感染和炎症等应激打击易感患者，导致全身炎症失控引起的急性多系统或器官功能损害。MOFE的功能障碍是指某个器官不能维持其自身功能，从而影响全身内环境的稳定。
MOFE可分为原发性与继发性两种：①原发性MOFE是由某种明确的生理损伤直接作用的结果。器官功能障碍由损伤本身所造成，故早期即出现。例如创伤的即刻后果可以引起肺挫伤，同时骨骼肌破坏，产生大量肌红蛋白引起急性肾功能衰竭，多次输血引起凝血功能障碍等，结果导致原发性MOFE。然而，原发性MOFE在发生发展过程中，全身性炎症反应不如继发性MOFE那么显著;②继发性MOFE则不同，它并非由原始损伤本身所直接引起，而是机体异常反应的结果。原始损伤引起SIRS，而过度的全身性炎症反应能造成远距离多个器官功能障碍。所以，继发性MOFE与原始损伤之间存在着一段间歇期。继发性MOFE很容易并发感染，此时，全身炎症反应和免疫功能紊乱是基础，全身性感染是SIRS或CARS的后续进程。继发性MOFE就是这种SIRS或Sepsis持续发展造成的一种最严重后果。
多器官功能障碍综合征的鉴别诊断要点是：①患者发病前大多脏器功能良好;②具有严重创伤、感染及休克等原发诱因;③具有全身炎症反应综合征的表现;④从最初打击到出现远隔器官功能障碍常有几天或数周的间隔，衰竭的器官往往不是原发因素直接损伤的器官;⑤病程除非发展到终末期，器官功能障碍和病理改变是可以逆转的，而且一旦治愈，临床上不会复发或转入慢性病程。内科临床常见的一些慢性疾病终末期出现的多器官功能衰竭、老年性多器官衰竭以及在病因学上互不相关的多个器官功能衰竭，都不属于多器官功能障碍综合征的范畴。
Deitch曾经做过这样的描述：①衰竭的器官通常并不直接来自原发伤;②从原发伤到发生器官衰竭在时间上有一大的间隔;③并非所有病人都有细菌学证据;④30%以上病人临床及尸检中无病灶发现;⑤明确并治疗感染未必能改善病人的存活率。这些表现体现了失控性全身炎症反应所致器官损伤的特点，可资鉴别一些非MOFE概念中的器官功能衰竭。
