需与登革热、黄热病、传染性红斑、西尼罗热及其他病毒性出血热相鉴别，确诊依赖于血清学检测及病毒分离。
登革热：基孔肯雅热与登革热的传播媒介相同，流行区域基本相同， 临床表现亦类似，与登革热较难鉴别。基孔肯雅热发热期较短，关节痛更为明显且持续时间较长，出血倾向较轻。鉴别有赖于实验室特异性检测。
传染性红斑：由细小病毒B19 引起，首先出现颧部红斑，伴口周苍白，2～5 天后出现躯干和四肢的斑丘疹。关节受损表现为多关节周围炎，较多发生在近端指趾关节、掌关节，可侵犯腕、膝和踝关节。细小病毒B19 特异性抗体和核酸检测阳性。
