基于发病率与手术方式的需要，造釉细胞瘤主要需与牙源性角化囊肿及其他非角化囊肿鉴别。非角化囊肿如含牙囊肿、根尖囊肿、残余囊肿及面裂囊肿等，这些囊肿从发病部位、内部结构及临床表现等方面均有一定的特征性，与造釉细胞瘤鉴别不难。由于造釉细胞瘤与牙源性角化囊肿在发病部位、病变形态及生物学行为等方面在一定程度上有相似之处，且治疗方法不同于其他非角化囊肿，因此二者的鉴别是颌骨囊性病变鉴别诊断的重点和难点。
造釉细胞瘤的侵袭性高于角化囊肿，造成周围骨质破坏的范围大于角化囊肿且易侵及周围软组织。造釉细胞瘤造成的牙根吸收多呈锯齿状或截断状，造成邻牙脱落者常见;角化囊肿的牙根吸收多呈斜面状，较少造成邻牙脱落。造釉细胞瘤多为囊实混合性，不规则厚壁，囊壁可见乳头状突起或壁结节;角化囊肿为纯囊性，均匀薄壁。多房造釉细胞瘤分房大小不一，其房间隔常由软组织及少量骨性成分组成，且较厚;角化囊肿的分房大小近似，房间隔纤细、完整，且较薄。造釉细胞瘤囊性部分的MR信号多为长T1、长T2信号，有时囊内出血可见短T1信号;角化囊肿的囊内容物因富含角化蛋白及固态胆固醇结晶，其T2信号明显低于造釉细胞瘤，此征象被认为是区别二者囊液性质的重要特征。无论CT或MR增强检查，造釉细胞瘤的囊壁、分隔、乳头状突起及壁结节均明显强化;角化囊肿的囊壁及分隔无强化。
